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这个问题我遇到过。

产生这个问题的原因基本上只有一个：你的索引坏了。在flash4.0之前，swf是索引和表头分开的。4.0之后，文件的表头就含有索引的信息，这也是为什么早先swf文件大部分无法精确定位。

还有一种，加密的swf破解后，表头破坏，导致文件起始位置信息不全，压缩不可读。你那个软件我没用过，但原理肯定是用通用文件信息覆盖了原表头，再压缩。其实只要覆盖后，什么压缩软件都能转换。